Durante quatro anos, Lygia Pupatto exerceu o cargo de Secretária de Estado da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior,(2006-2010). Como secretária sua gestão direcionou recursos para melhorar a infra-estrutura das universidades públicas e dos institutos de pesquisa. Idealizou e criou o maior programa de extensão universitária do país, o Universidade Sem Fronteiras, tornando as universidades um dos principais motores de desenvolvimento de nosso Estado.
Antes disso, ainda, foi eleita Reitora da Universidade Estadual de Londrina. Criou o Conselho de Interação Universidade-Sociedade, implantou o sistema de cotas para negros e alunos da escola pública, e incentivou a pesquisa e o ensino de qualidade.
Na década de 90, foi Deputada (autora da lei que instituiu a data-base para os servidores públicos).
Como Vereadora, a Lygia ajudou a implantar o Orçamento Participativo. Depois, assumiu a Secretaria da Mulher.
Na década de 80, a Lygia foi Presidente do Sindicato dos Professores e dirigente da CUT, liderando movimentos em defesa de salários, condições de trabalho e democracia.